ドメインコントローラ間の同期

特定のファイルをフィルタする方法は下のURLに記載があります。
http://support.microsoft.com/kb/229928/ja

レジストリで設定する方法とADに設定する方法がありますが、すべてのドメインコントローラでフィルタすると思いますので、「Active Directory 内でのファイル フィルタおよびフォルダ フィルタの変更」の方法で実施するのが良いと思います。