WSUSの既知の問題について

既知の問題4
ターミナル サービスを実行しているサーバーでは WSUS 3.0 はサポートされない

既知の問題4 : ターミナル サービスを実行しているサーバーでは WSUS 3.0 はサポートされない
ターミナル サービスを実行しているサーバーで WSUS 3.0 を実行できる場合もありますが、これはサポートされていないので行わないでください。リモート SQL Server を実装する構成でターミナル サービスを実行しているサーバーでは、WSUS 3.0 を実行できません。ターミナル サーバーのライセンス サーバー上でのリモート カスタム操作 (インストールを含む) はすべてシステム アカウントとして実行され、サーバーのシステム アカウントにリモート SQL Server のアクセス許可がない場合があるので、インストールに失敗します。

ターミナルサーバのライセンスサーバ上でのSQL Serverに対するオペレーションが
というのが、サポートされない理由の詳細なんでしょうから、
リモートデスクトップではなくターミナルサービスに言及しているのでは、
と思います。
これらはテクノロジ的には似てますが、別物ですよ。

ちなみにこの辺の制限、以前のバージョンのWSUSでも同様です。